Varnostni svet Zveze ŠKIS je edinstven organ Zveze. Med njegove številne naloge spada tudi pomoč klubom, svetovanje, prenos informacij s klubov na Zvezo ŠKIS in obratno, nadzor volitev za svetnike v Svet ŠOLS in ostale. Zagotovo pa je Varnostni svet najbolj poznan po nalogi ugotavljanja upravičenosti klubov do finančnih sredstev iz naslova koncesijskih dajatev in nadzora Pridnostnega sklada.

Varnostni svet je sestavljen iz 7 članov: predsednika Varnostnega sveta, ki je hkrati tudi podpredsednik Zveze ŠKIS in 6 članov Varnostnega sveta. Vsak od njih je vodja ene izmed slovenskih regij: 02 regije, 03 regije, Dolenjske regije, Gorenjske regije, Osrednje regije in Primorske regije. Vsi člani imajo enoleten mandat z možnostjo ponovne izvolitve. Vodje regij so zadolženi za organizacijo regijskih sej, koordinacijo regijskih otočkov na Škisovih tržnicah in druge naloge.

Varnostni svet Zveze ŠKIS se sestaja na tedenskih sejah. Na njih predsednik Varnostnega sveta poroča o aktualnem dogajanju v študentskem organiziranju, problematiki ki se tiče klubov in ostalih relavantnih novicah.

Vodja 02 regije: Aleš Meglič,

Vodja 03 regije: Urška Krajnc,

Vodja osrednje regije: Nejc Krašovec,

Vodja dolenjske regije: Nejc Lavrenčič,

Vodja Gorenjske regije: Jaka Bassanese,

Vodja Primorske regije: Vesna Vojska.